لقد تم تأسيس جامعة علوم القرآن بجاكرتا بمبادرة كريمة من المغفور له الأستاذ الدكتور الحاج إبراهيم حسين ودعم من الحاج محمد يوسف عبد الله، وذلك بوضع الحجر الأساسي في الثاني عشر من ربيع الأول عام 1397 هـ / الواحد من أبريل 1977 م تحت رعاية مؤسسة عفان برئاسة الحاج سليمان عفان. وفي عام 1983 م تم تأسيس مؤسسة جامعة علوم القرآن التي أصبحت لاحقا الراعية الرسمية للجامعة

الحاجة هارويني يوسف هي أول من ترأست مؤسسة جامعة علوم القرآن جاكرتا (1983-2018). فمنذ عام 1983م قام الحاج محمد يوسف عبد الله والحاجة هارويني يوسف بتبرع قطعة أرض للمؤسسة كوقف في شارع محمد طه رقم 31 فامولانغ الشرقية تانغيرانغ الجنوبية، وأصبحت الآن مقرا لسكن الطالبات وفرعا ثانيا لجامعة علوم القرآن جاكرتا. وبعد ذلك الفترة من عام 2018 م إلى الوقت الحالي تولى هذا المنصب المهندس الحاج روللي خير الأزوار

تأسست جامعة علوم القرآن جاكرتا في البداية ممثلة في الدراسات العليا أو الماجستير الخاصة بالطالبات فقط، بدعم حكومي من محافظة جاكرتا على المستوى المحلي لتلبية احتياجات المجتمع الى الكفاءات البشرية المتميزة للمشاركة في مسابقة تحفيظ القرآن الكريم التي تقام في مختلف المناطق والمحافظات في أرجاء البلاد، وأيضا لتلبية احتياجات الجامعة في إعداد وتقديم كوادر بشرية مؤهلة للتدريس في مرحلة البكالوريوس. وفي عام 1981 م وبعد أن تم تخريج دفعتين من طالبات الماجستير، أطلقت الجامعة برنامجا للبكالوريوس، ثم في عام 1998م قامت الجامعة بفتح بوابة الماجستير أو الدراسات العليا مرة أخرى

الجدير بالذكر أن جامعة علوم القرآن جاكرتا قامت بتقديم برامج أكاديمية خاصة لمرحلة البكالوريوس من خلال تحسين وتطوير القدرات البحثية لأعضاء هيئة التدريس والطلاب لإنتاج ونشر بحوث متميزة المتعلقة بالقرِآن الكريم وعلومه، وأيضا العلوم التي تتلاءم مع هذه المرحلة الأكاديمية. في حين أن الجامعة قد قامت أيضا بتطوير برامج أكاديمية متميزة في مرحلة الدراسات العليا أو الماجستير وذلك بفتح ثلاث كليات وأقسام جديدة وهي: قسم قانون الاقتصاد الإسلامي، وقسم علوم القرآن الكريم وتفسيره، وقسم دراسات التربية الإسلامية. إلى جانب ذلك قامت الجامعة في نفس الوقت بفتح برنامجها للدكتوراه في قسم التفسير وعلوم القرآن الكريم

تعتبر جامعة علوم القرآن جاكرتا من المؤسسات العلمية العريقة التابعة للتعليم العالي التي تميزت بأنها تجمع بين نظام تعليم المعاهد الدينية المعترف بها ونظام التعليم العالي، والهدف منه هو تحقيق نخبة متميزة من العلماء وحفظة كتاب الله العزيز، الذين لديهم ثقافة عالية ورؤية مستقبلية واسعة، وأيضا لديهم كفاءة تنافسية في مجال القرآن الكريم وعلومه، والتي تساهم في تحقيق نشر المعرفة في خدمة الإسلام والوطن والإنسانية

لقد حققت الجامعة نجاحا باهرا في تخريج عدد كبير من قارئات وحافظات القرآن الكريم، وأيضا مفسرات بارعات، كما تشجع الجامعة للمشاركة في المنافسات والمسابقات المحلية والدولية في مجال تحفيظ القرآن الكريم ومسابقة تلاوة القرآن الكريم. لذا فإن الجامعة تلزم جميع الطالبات بأخذ مادة التحفيظ، ومادة التلاوة والترتيل، ومادة التفسير، علوم القراءات والرسم العثماني كمادة إجبارية لجميع الطلبة